Район заповедника до его открытия исследовался, в основном, уральскими учёными. Тогда флора региона описывалась Горчаковским П.Л., вышла работа по паукам "Денежкина Камня" Харитонова Д.Е. В первый период существования заповедника начались инвентаризационные работы, велась Летопись природы. На территории работали такие специалисты, как Виноградов В.В., Семечкин И.В., Скворцов А.К., Красовский Л.И., Исаев Л.А., Чернявская С.И., Кузнецов Н.И. и многие другие. Тогда же вышла первая и пока единственная книга Трудов заповедника "Денежкин Камень". Подробный очерк по флоре составлен Скворцовым А.К. и Красовским Л.И., птицы были описаны Кузнецовым Н.И., Чернявская С.И. написала очерк по млекопитающим, основываясь на материалах исследований Исаева Л.И. В тот же период и в первые годы после закрытия заповедника в регионе работали Игошина К.Н по флоре горных тундр, Дулькин А.Л. и Капустина Э.Ф. по моллюскам, Лишин О.В. по мелким млекопитающим, Рябкова К.А. по лишайникам, Томилиным Б.А. были описаны некоторые шляпочные грибы. Интересно, что Семечкиным И.В. были заложены в 54-55 годы лесные площади и материалы по исследованиям этих площадей Иван Васильевич хранил все годы, пока заповедник был закрыт и теперь предоставил в их в распоряжение научного отдела. В настоящее время площади найдены в натуре и есть возможность для повторения всех работ, начавшихся в 60 годы.
Сразу после открытия заповедника в 1992 году сотрудниками начала вестись Летопись природы. Первые два тома были созданы практически двумя научными сотрудниками, ботаником Кирсановой О.Ф. и зоологом Квашниной А.Е. Заповедник "Денежкин Камень" – один из немногих в России, где первая Летопись была выпущена в первый год существования заповедника. Сразу был налажен сбор первичной научной информации инспекторами по охране заповедника. В первый же год были разработаны дневники и анкеты для инспекторов (лесников), которые впоследствии получили высокую оценку среди других заповедников.
На второй год работы заповедника было произведено краткое геоботаническое описание территории заповедника по сети трансект. На основе этих описаний, а также материалов лесоустройства была разработана сеть пробных маршрутов для разных типов работ по Летописи. Маршруты выбирались с таким расчётом, чтобы пересечь все основные типы сообществ, захватить высотную поясность. С 1993 года на маршрутах ведутся зимние учёты птиц и зверей, летние учёты птиц, учёт продуктивности ягодников и кедровников. Необходимо отметить, что мы сомневались в правомочности проведения глазомерного описания территории собственными силами и считали себя дилетантами в этом вопросе. Однако при условии отсутствия необходимых материалов решились всё же на использование собственных наблюдений. В последствии оказалось, что данные помогли дешифрировать космоснимки территории и адекватно «прочитать» лесоустроительные материалы, и где-то поправить их.
С 1995 года начаты ежегодные наблюдения за редкими видами растений – пионом уклоняющимся, калипсо луковичной, ирисом сибирским, лилией кудреватой, за оксиграфисом ледяным с 2000, на постоянных пробных площадях. Тогда же была заложена трансекта для наблюдений за ходом зарастания Сольвинского луга. Ведутся наблюдения за рудеральными видами около лесных избушек с 1995 года. С 1997 года на одном из постоянных маршрутов опорной сети был начат учёт мелких млекопитающих. В 1999 году все пробные площади были подробно закартированы и описаны.
В заповеднике "Денежкин Камень" в 1998 году создана основа геоинформационной системы (ГИС) и начался ввод данных в формат ГИС. Созданные слои ГИС позволили детально анализировать структуру территории и соотношение основных типов леса и природно-территориальных комплексов. В результате данного анализа сеть маршрутов для ведения учётов млекопитающих, птиц, а также учётов продуктивности ягодников и кедровников пересмотрена и приведена в соответствие со структурой территории.
Анализ структуры территории также позволил наметить наиболее подходящие территории для размещения фенологического маршрута. Для сроков вегетации очень важны такие характеристики, как экспозиция склона, угол наклона и тип леса. Используя слои с этой информацией, удалось найти такое место, которое имеет наибольшее разнообразие фаций, представляет основные типы леса заповедника, и наиболее типичные ландшафтные характеристики.
В 2014 году проведено лесоустройство территории заповедника «Денежкин Камень» и составлена карта растительности территории, материалы лесоустройства и картирования растительности занесены в ГИС.
Темы научно-исследовательских работ, проходивших на территории заповедника «Денежкин Камень» в различные годы. Для удобства сгруппированы по сходной тематике.
1. Изучение естественного хода процессов, протекающих в природе, и выявление взаимосвязей между отдельными частями природного комплекса
2. Создание геоинформационной системы (ГИС) заповедника, внедрение технологий ГИС в практику заповедного дела.
3. Создание ГИС-атласа заповедника «Денежкин Камень»
4. Флора заповедника «Денежкин Камень»
5. Фауна чешуекрылых (Lepidoptera) заповедника «Денежкин Камень»
6. Видовой состав ксилотрофных макромицетов заповедника "Денежкин Камень
7. Ихтиофауна водоемов бассейна р. Сосьва в заповеднике «Денежкин Камень» и на сопредельной территории.
8. Фауна донных беспозвоночных животных реки Шегультан
9. Типология речных долин заповедника «Денежкин Камень»
10. Количественная оценка атмосферной составляющей баланса вещества в горных среднетаежных ландшафтах Урала
11. Адвентивная флора заповедника «Денежкин Камень» в местах с различной рекреационной нагрузкой: качественный и количественный аспект
12. Видовое разнообразие птиц заповедника «Денежкин Камень» во времени и пространстве.
13. Влияние изменений климата на биоразнообразие. Пространственно-типологическая и функциональная организация наземных позвоночных Урала и Западной Сибири (популяция – вид – сообщество). Раздел «Оценка закономерностей пространственно-типологической дифференциации населения птиц Урала»
14. Гнездовая биология пестрого дрозда (Zoothera dauma) на северном Урале.
15. Распределение воробьиных птиц в заповеднике «Денежкин камень» в летний период
16. Орнитофауна северной части заповедника «Денежкин Камень» в гнездовой и послегнездовой периоды
17. Влияние комплекса биотопов долины малой реки на структуру населения мелких млекопитающих в горно-таежном поясе
18. Влияние различных типов речных долин на видовой состав и численность мелких млекопитающих
19. Состав и динамика сообществ грызунов заповедника «Денежкин Камень».
20. Биотопическое распределение грызунов и насекомоядных в основных поясных местообитаниях заповедника «Денежкин Камень».
21. Особенности населения грызунов и насекомоядных на третий год после лесного пожара в заповеднике «Денежкин Камень»
22. Формирование моделей отражения от растительности по космическим снимкам территории заповедника «Денежкин Камень»
23. Сезонное развитие растительности в заповеднике «Денежкин Камень»
24. Изучение сезонной динамики ландшафтных геокомплексов при помощи количественных фенологических методов
25. Использование метода суммирующих фенологических характеристик при изучении сезонной динамики фитоценозов в среднегорьях Северного Урала
26. Среднелетняя фауна цикадовых (homoptera, cicadina) заповедника «Денежкин Камень»
27. Функциональная структура и активность комплексов ксилотрофных и симбиотрофных грибов в высотном градиенте горного массива Денежкин Камень
28. Взаимодействие дереворазрушающих грибов с эпиксильными мхами и лишайниками
29. Пространственная структура паразитарных систем с участием Ixodes persulcatus в Северном Приуралье.
30. Абиотические и биотические градиенты пространственно-временной структуры паразитарных экосистем (на примере иксодовых клещевых боррелиозов)
31. Типизация лесных насаждений, поврежденных пожаром 2010 года по степени и характеру поврежденности на основе данных дистанционного зондирования: выявление и уточнение границ лесных насаждений разной степени поврежденности на космических снимках высокого разрешения
32. Оценка санитарного состояния лесных насаждений основных типов леса
33. Оценка санитарного состояния лесных насаждений с разной степенью повреждения в результате пожара 2010 года
34. Оценка пораженности древостоев гнилевыми и раковыми заболеваниями в основных типах леса
35. Оценка состава и жизненного состояния естественного возобновления на участках с полностью погибшим древостоем
36. Натурное обследование лесных насаждений, поврежденных пожаром 2010 года
37. Натурное обследование лесных насаждений, поврежденных ветровалами разных типов
38. Картирование изменения лесопокрытой площади заповедника «Денежкин Камень» (ветровалы, редины и курумники) периода 2010-2018 годов на основе ДЗЗ и натурного обследования
39. Лесопатологическое обследование ветровалов 2016 на территории заповедника «Денежкин Камень»
40. Изучение многолетней динамики лесной растительности на лесоводственной пробной площади 1955 г.
41. Оценка последствий экологической катастрофы, вызванной разработкой месторождений Северного медно-цинкового рудника УГМК
